为了加强对货物运输业税收的管理，进一步规范市场经济秩序，国家税务总局近年来先后下发了《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》（国税发[2003]121号）、《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）等文件，但也出现了所得税代征容易退税难、征退税机关脱节等问题，总局为此又专门下发了《国家税务总局关于货物运输业新办企业所得税退税问题的通知》（国税函[2006]249号）。但是，由于国税函[2006]249号文的部分内容与《中华人民共和国企业所得税暂行条例》等上位法规定存在抵触，导致税务机关在执行中出现了不规范操作，一定程度上损害了纳税人的合法利益，我们对此应当给予必要的关注。

　　一、企业所得税汇算、退税的一般性规定

　　（一）《中华人民共和国企业所得税暂行条例》规定：企业所得税在年度终了后四个月内汇算清缴，多退少补。

　　（二）《中华人民共和国企业所得税暂行条例实施细则》规定：纳税人在年终汇算清缴时，少缴的所得税税额，应在下一年度内缴纳；多预缴的所得税税额，在下一年度内抵缴。

　　（三）《国家税务总局关于印发<核定征收企业所得税暂行办法>的通知》（国税发[2000]38号）规定：核定征收方式主要包括定额征收和核定应税所得率征收两种办法。实行核定应税所得率征收办法的纳税人应当进行汇算清缴。纳税人实行核实征收方式的，不得享受企业所得税各项优惠政策。

　　（四）《国家税务总局关于印发<企业所得税汇算清缴管理办法>的通知》（国税发[2005]200号）规定：实行查账征收和实行核定应税所得率征收企业所得税的纳税人，都应按规定进行汇算清缴。

　　（五）《国家税务总局关于印发<税收减免管理办法（试行）>的通知》（国税发[2005]129号）中减免税审批条件部分对14大类的企业所得税优惠作了列举，但并没有将汇算退税列入企业所得税优惠。

　　二、货物运输业代开票纳税人企业所得税相关政策规定

　　（一）《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》（国税发[2003]121号）

　　其中附件一《货物运输业营业税征收管理试行办法》中规定：对代开票纳税人实行定期定额征收方法。代开票单位代开发票时，按代开的货物运输业发票注明的运费和其他价外收费即时征收营业税、所得税及附加，年终时对“双定”户按期征收的定期定额税款进行清算。

　　（二）《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）规定：

　　1、按代开票纳税人管理的所有单位和个人（包括外商投资企业、特区企业和其他单位、个人），在代开货物运输业发票时一律按开票金额33%预征所得税，预征的所得税年终时进行清算。

　　2、代开票纳税人实行核定征收企业所得税办法的，年终不再进行所得税清算。

　　3、在代开票时已征收的属于法律法规规定的减征或者免征的所得税，在下一征期退税。

　　（三）《国家税务总局关于货物运输业新办企业所得税退税问题的通知》（国税函[2006]249号）对以下问题作了进一步明确：

　　1、退税的机关。先国税后地税，在汇算清缴后办理退税，退税额不超过纳税年度主管国家税务局对其已征的企业所得税税额；超出部分，由代开货物运输发票的地方税务局办理退税事项。

　　2、退税的限制。按（国税发〔2000〕38号）有关规定，对实行核定征收企业所得税的纳税人因代开货物运输发票而缴纳的税款，主管税务机关不予退税。

　　三、对代开票纳税人企业所得税退税政策的评析

　　按照企业所得税汇算、退税的一般性规定，实行查账征收、定率征收方式的代开票纳税人应当进行年终汇算清缴，多缴的所得税税款可以在下一年度内抵缴，也可以申请退税。采用核定征收方式的，纳税人不得享受企业所得税各项优惠政策。

　　笔者认为，国税发[2003]121号虽然规定对代开票纳税人实行定期定额征收方法，但针对的对象是营业税，不能简单将其移植到企业所得税征收上来，对代开票纳税人企业所得税管理依然应遵循企业所得税的一般性规定，不能搞一刀切，可以采用定额征收、核定应税所得率征收或者查账征收的方式。

　　应当指出的是，不得享受企业所得税优惠政策并不等同于不能申请退回多缴的税款，前者以纳税人查账征收和满足优惠条件为前提，后者则属于一项法定的权利，它是以多缴税款为前提，《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条对此已有明确规定，《税务行政复议规则》也将不予退还税款的具体行政行为纳入了行政复议申请的内容。

　　然而，国税函[2006]249号却规定，对实行核定征收企业所得税的纳税人因代开货物运输发票而缴纳的税款，主管税务机关不予退税。这显然缺乏法律支持和政策依据。

　　从相关文件规定来看，国税发[2003]121号文对所得税的征收方式未作具体规定，也没有明确是否进行所得税年终清算清缴。国税发[2004]88号进一步明确了所得税的预征率，强调除实行核定征收企业所得税方式以外，应当对预征的所得税在年终时进行清算，规定代开票时已征收的属于减、免征的所得税，在下一征期退税。依该文规定，代开票纳税人可以适用查账征收方式，否则代开票纳税人将无法享受到减、免征优惠，该文也就不用出台“在下一征期退税”的规定了。国税函[2006]249号文专门就企业所得税的退税机关和退税流程作出了规定，却又明确：实行核定征收企业所得税的纳税人，因代开货物运输发票而缴纳的税款，主管税务机关不予退税。从该文也可以得出一个结论：对代开票纳税人可以采用查账征收方式，因为只有在查账征收的方式下，因代开发票预征税款而多缴的税款方能在汇算清缴后退税。

　　遗憾的是在执行中，国税机关一般都按照国税发[2004]88号文规定，对货物运输业代开票纳税人实行定率征收企业所得税，直接将应税所得率核定为10％，以避免与地税代征时适用的应税所得率产生差异，国税机关年终不再进行所得税汇算清缴，对代开货物运输发票而缴纳的所得税不再退税。这样处理就带来了以下问题：国税发[2000]38号文规定交通运输业的应税所得率幅度为7％～20％，不同区域、不同规模的纳税人其应税所得率应当有所区别，但国税机关一律简单执行10％的应税所得率显然违反了分类逐户核定应税所得率的基本要求；从国税机关管理上看，过分依赖地税机关在代开票环节预征所得税，容易忽略对未开票收入给予应有的关注，如果地税机关在检查中发现了漏计的未开票收入，由于纳税人不申请代开票，因此也不能再按3.3％代征所得税，在不组织汇算清缴的情形下，国税机关一般难以发现漏计的未开票收入，相应的企业所得税也自然随之流失。

　　综合前面的分析，笔者认为，对于货物运输业代开票纳税人企业所得税征收应区别对待，除不符合查账征收条件可以核定征收以外，原则上应当采取查账征收方式，不能因代征企业所得税而剥夺了纳税人申请退回多缴税款的法定权利。在采取定率征收的条件下，税务机关应切实起核定应税所得率的职责，并要求代开票纳税人认真开展所得税汇算清缴，该补的补，该退的应依法退税或在下一年度抵缴。