2026年1月1日，《中华人民共和国增值税法》将正式施行，标志着我国增值税制度迈入法治化、规范化的新阶段。医疗机构作为保障民生健康的核心主体，其业务兼具公益性与经营性双重属性，涉及医疗服务、餐饮、停车、租赁等多种收入类型，增值税征管场景复杂。新法及《中华人民共和国增值税法实施条例（征求意见稿）》（以下简称《实施条例（征求意见稿）》）对征免税范围、纳税人类型、进项税抵扣等核心规则作出明确界定，医疗机构能否精准把握政策要点、实现税务合规，不仅关系到自身运营成本与声誉，更直接影响公益服务的可持续性。因此，深入解读新规、梳理合规要点，成为医疗机构当前的重要课题。

一、医疗机构增值税征免税边界：明确区分，精准适用

新法及《实施条例（征求意见稿）》对医疗机构的增值税征免规则作出清晰划分，核心围绕“支持基本医疗、排除非公益属性业务”展开，避免征免混淆。

（一）免税范围：聚焦基本医疗服务

根据《增值税法》第二十四条，“医疗机构提供的医疗服务”免征增值税，《实施条例（征求意见稿）》进一步细化了适用条件：

1.主体资格要求：免征增值税的“医疗机构”需取得《医疗机构执业许可证》，具备合法执业资格，包括军队、武警部队各级各类医疗机构；明确排除美容医疗机构（含美容医疗诊所），此类机构提供的服务多属非基本医疗需求，与政策“减轻群众基本医疗负担”的立法意图不符。

2.服务属性界定：免税的“医疗服务”指医疗机构为满足患者诊断、治疗、护理、康复等核心健康需求提供的专业性服务，包括门诊诊疗、住院治疗、手术服务、检查检验、护理康复等直接医疗服务，以及与治疗环节直接相关的药品配送、医用耗材使用等配套服务。

（二）应税范围：经营性业务需依法缴税

医疗机构超出基本医疗服务范畴的经营性收入，需按规定缴纳增值税，主要包括：

1.餐饮服务收入（如医院食堂对外经营、为患者家属提供餐饮服务），适用6%税率；

2.停车服务收入（属于不动产经营租赁服务），一般计税方法适用9%税率，可选择简易计税方法按5%征收率计税；

3.租赁服务收入（如对外出租闲置场地、医疗设备），不动产租赁适用9%税率，有形动产租赁适用13%税率；

4.其他非医疗经营性收入（如销售非医疗用保健品、开展商业培训、对外提供广告位等），按对应服务类型适用6%、9%或13%税率。

（三）关键原则：单独核算是免税前提

《增值税法》第二十六条明确规定，纳税人兼营增值税优惠项目的，应当单独核算免税项目销售额；未单独核算的，不得享受税收优惠。《实施条例（征求意见稿）》第三十五条进一步补充，若通过虚假材料违法违规享受优惠，税务机关将追回已免税款，构成逃税的依法处理。这要求医疗机构必须建立清晰的账目体系，区分医疗服务与应税经营性业务的收入、成本。

二、纳税人类型选择：结合规模与核算能力精准决策

新法及《实施条例（征求意见稿）》明确了小规模纳税人与一般纳税人的划分标准及适用规则，医疗机构需结合自身应税收入规模、会计核算水平等因素合理选择。

（一）纳税人类型划分标准

1.小规模纳税人：年应征增值税销售额未超过500万元的纳税人，适用简易计税方法，征收率为3%；自然人默认属于小规模纳税人，行政单位、军事单位等非企业单位若不经常发生应税交易，可选择成为小规模纳税人。

2.一般纳税人：年应征增值税销售额超过500万元的，应当办理一般纳税人登记，适用一般计税方法（销项税额抵扣进项税额）；未超过500万元但会计核算健全（能按国家统一会计制度设置账簿、凭合法有效凭证核算）的，可自愿申请登记为一般纳税人。

（二）医疗机构的选择逻辑

1.若医疗机构应税收入（餐饮、停车、租赁等）规模较小，年销售额未超500万元，且会计核算不够完善，选择小规模纳税人更为简便，可降低税务申报与核算成本，按3%征收率计税，无需复杂的进项税抵扣操作。

2.若应税收入规模较大（年销售额超500万元），或虽未超500万元但经营性业务占比高、进项税抵扣空间大（如餐饮服务购进食材、租赁业务相关装修支出等），选择一般纳税人更具优势，可通过抵扣进项税额降低实际税负。

3.需注意：纳税人登记为一般纳税人后，不得转为小规模纳税人，选择时需兼顾长期业务发展规划。

三、应税交易进项税处理：按用途划分，合规抵扣

进项税抵扣是一般纳税人税务处理的核心环节，新法及《实施条例（征求意见稿）》明确了“按用途划分、能抵尽抵、无法划分按比例分摊”的原则，医疗机构需重点关注以下规则：

（一）可全额抵扣的进项税

专用于应税交易（餐饮、停车、租赁等）的购进项目，其进项税可凭合法扣税凭证（增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书等）全额抵扣，例如：

1.餐饮服务购进的食材、厨房设备；

2.停车服务购置的智能停车系统、场地维护材料；

3.租赁业务相关的场地装修支出、设备购置费用；

4.专门为应税业务服务的办公设备、差旅费（非福利性质）等。

（二）不得抵扣的进项税

1.专用于免税医疗服务的购进项目（如门诊采购的药品、病房护理设备、专用于医疗服务的水电费用），其进项税不得抵扣，需直接计入成本；

2.购进贷款服务及与贷款直接相关的投融资顾问费、手续费、咨询费等费用，对应的进项税不得抵扣；

3.购进用于集体福利或个人消费的货物、服务（如职工福利采购、交际应酬消费），进项税不得抵扣；

4.非正常损失项目对应的进项税（如因管理不善导致的货物被盗、丢失，或因违法违规被没收、销毁的货物、不动产），不得抵扣。

（三）无法划分的进项税：按比例分摊并清算

若购进项目同时用于免税医疗服务和应税交易（如医疗机构共用的办公楼水电、通用办公设备、网络服务费等），需按以下公式计算不得抵扣的进项税：

当期不得抵扣的进项税额＝当期无法划分的全部进项税额×（当期免税项目销售额＋当期简易计税项目销售额）÷当期全部销售额

医疗机构需逐期计算，且在次年1月纳税申报期内依据全年汇总数据进行清算调整，确保分摊准确。

（四）长期资产进项税的特殊处理

对于固定资产、无形资产、不动产等长期资产，按用途分为三种情形处理：

1.专用于应税项目：全额抵扣进项税；

2.专用于免税项目、集体福利等：不得抵扣；

3.混合用途（既用于应税又用于免税）：原值不超过500万元的，全额抵扣；原值超过500万元的，购进时先全额抵扣，再按折旧或摊销年限逐年计算免税项目对应的不得抵扣进项税，逐年调整。

四、增值税征收管理：严守申报与合规要求

新法及《实施条例（征求意见稿）》对增值税征收管理的全流程作出明确规定，医疗机构需重点关注以下核心要点：

（一）纳税义务发生时间

1.应税交易：收讫销售款项或取得销售款项索取凭据的当日；先开具发票的，为开具发票的当日；

2.视同应税交易（如无偿转让无形资产、不动产）：完成交易的当日；

3.进口货物：货物报关进口的当日。

（二）纳税地点与计税期间

1.纳税地点：有固定经营场所的，向机构所在地主管税务机关申报纳税；总机构与分支机构不在同一县（市）的，可经批准由总机构汇总申报；自然人销售不动产、提供建筑服务等，向业务发生地申报纳税。

2.计税期间：小规模纳税人及银行、信用社等一般纳税人可按季度计税；其他纳税人按十日、十五日或一个月计税，具体由主管税务机关核定；按次纳税的，销售额达到起征点后90日内申报纳税。

（三）发票开具规则

1.提供免税医疗服务的，不得开具增值税专用发票，需开具普通发票（纸质或电子发票，两者具有同等法律效力）；

2.开具增值税专用发票后发生销售折让、中止或退回的，需按规定作废或开具红字专用发票，否则不得扣减销项税额或销售额；

3.向自然人提供应税服务的，不得开具增值税专用发票。

（四）税收优惠的放弃与恢复

医疗机构可自愿放弃免税优惠，选择缴纳增值税，但放弃后36个月内不得再次享受；放弃优惠需在次月向主管税务机关申报缴税，小规模纳税人除外。

《中华人民共和国增值税法》的实施，对医疗机构的税务管理提出了更规范、更精细的要求。医疗机构需以新法施行为契机，从以下三方面做好准备：

一是梳理业务边界，明确区分免税医疗服务与应税经营性业务，建立单独核算体系，避免因账目混淆丧失免税资格或引发税务风险；二是优化纳税人类型选择，结合应税收入规模、进项税抵扣空间等因素，选择最适合自身的纳税人类型，平衡税负与管理成本；三是规范进项税管理，按用途划分可抵扣与不可抵扣项目，精准计算分摊无法划分的进项税，确保抵扣合规；四是强化征收管理合规，严格遵守纳税义务发生时间、发票开具、申报期限等要求，建立与税务机关的沟通机制，及时解决政策适用疑问。

医疗机构作为民生保障的重要载体，唯有精准把握增值税新规要点，健全税务合规体系，才能在依法纳税的同时，充分享受政策红利，降低运营成本，更好地聚焦基本医疗服务主业，为群众提供更优质、可及的医疗健康服务。