PPP项目公司是依法设立的自主运营、自负盈亏的具有独立法人资格的经营实体,项目公司设立中应当关注的税务问题主要有项目公司不同的设立形式、不同的出资方式下可能发生的不同税收成本及项目公司股东未来的投资收益的税收问题。
2014年财政部印发的《政府和社会资本合作模式操作指南（试行）》中就是否必须设立PPP项目公司及公司形式并未作具体规定，就目前的情况来看，国内PPP项目公司的设置形式普遍采用的是有限责任公司形式，不同的设立方式不同的出资形式会导致不同的税收成本。若项目公司由社会资本独资或与政府方合资共同新设立项目公司，以货币性资产出资，则仅涉及印花税的问题；以非货币性资产出资，则涉及印花税、增值税、企业所得税、土地增值税、契税等。若项目公司由社会资本通过货币资金购买股权的方式从政府方股东手中取得项目公司股权（主要是存量项目对应的项目公司），则涉及印花税、企业所得税（收购股权的情形下，转让方可能需就股权溢价部分缴纳企业所得税，受让方不需要缴纳企业所得税）。
对于项目公司股东未来从项目公司取得的投资性收益，根据企业所得税法的相关规定，居民企业股东从被投资的另一个居民企业获得的股息、红利等权益性收入属于免税收益。主要是考虑这类股息、红利收益是从被投资的居民企业的税后利润中分配的，因此已经缴纳过企业所得税，如果再将其并入股东居民企业的应税收入中征税，就存在同一经济来源所得的重复征税问题。
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