（二）总、分支机构处于不同税率地区的案例分析

　　汇总纳税企业总、分支机构处于不同税率地区的汇算清缴申报需要分步计算减免税额：

　　一是在总机构统一计算应纳税所得额的基础上，按国税发[2008]28号文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重计算划分不同税率地区分支机构的应纳税所得额；

　　二是再按各分支机构自身的税率计算各自应纳所得税额；

　　三是将各分支机构应纳所得税额汇总后计算企业的减免税额。

　　例3：如果例1中A企业2009年度应纳税所得额1000万元，由于其没有取得高新技术企业证书，所以没有申请享受新税法规定的高新技术企业减免税优惠。2009年度该企业深圳分公司继续享受新税法公布前的过渡期优惠政策、西宁分公司继续执行西部大开发的税收优惠，因此2009年度纳税申报需要对其总、分支机构处于不同税率地区的情况继续纳税处理。

　　A企业2009年度各相关指标如表2所示：

　　2009年汇算清缴时，一是分步计算减免税额：

　　1、计算不同税率地区各分支机构的应纳税所得额

　　总机构应纳税所得额=1000×50%=500（万元）

　　25%地区的应纳税所得额=1000×50%×（0.35×450/2440+0.35×30/155+0.3×800/3500）=100.4（万元）

　　20%地区的应纳税所得额=1000×50%×（0.35×360/2440+0.35×20/155+0.3×500/3500）=69.85（万元）

　　15%地区的应纳税所得额=1000×50%×（0.35×130/2440+0.35×5/155+0.3×200/3500）=23.5（万元）

　　2、计算不同税率地区各分支机构的应纳所得税额

　　25%地区的应纳所得税额=100.4×25%=25.1（万元）

　　20%地区的应纳所得税额=69.85×20%=13.97（万元）

　　15%地区的应纳所得税额=23.5×15%=3.525（万元）

　　3、计算A企业2009年度减免税额

　　A企业减免税额=1000×25%-（1000×50%×25%+25.1+13.97+3.525）

　　=250-167.595=82.405（万元）

　　二是A企业纳税申报表主表填报：

　　第25行“应纳税所得额”：1000万元

　　第26行“税率（25%）”：25%

　　第27行“应纳所得税额”：250万元

　　第28行“减免所得税额”：82.405万元

　　第30行“应纳税额”：167.595万元

　　第33行“实际应纳所得税额”：167.595万元

　　（三）如何处理汇总纳税企业过渡期优惠政策与新税法优惠政策同时存在的情况

　　《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）文件规定：企业所得税过渡优惠政策与新税法及实施条例规定的优惠政策存在交叉的，由企业选择最优惠的政策执行，不得叠加享受，且一经选择，不得改变。《财政部国家税务总局关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》（财税 [2009]69号）文件进一步明确：国发[2007]39号文件所称不得叠加享受，且一经选择，不得改变的税收优惠情形，限于企业所得税过渡优惠政策与企业所得税法及其实施条例中规定的定期减免税和减低税率类的税收优惠。

　　汇总纳税企业适用上述政策存在两种情况：一是如果企业整体享受过渡期优惠政策，又同时可以享受新税法规定的定期减免税或减低税率类的税收优惠；二是由于分支机构享受过渡期优惠政策致使总、分支机构存在不同税率，该企业又可以同时享受新税法规定的定期减免税或减低税率类的税收优惠。这两种情况都需要纳税人进行选择，或是适用过渡期优惠或是适用新税法的优惠，二者不能同时享受。

　　以案例中的A企业为例，A企业已取得高新技术企业证书，可以享受15%的高新技术企业减免税优惠；同时其深圳A2分公司继续享受新税法公布前的过渡期优惠政策、西宁A3分公司继续执行西部大开发的税收优惠，导致A企业的总、分支机构处于不同税率地区。因此，A企业可以从下例方式种选择一种享受税收优惠政策：一是2009年度享受高新技术减免税，总分机构统一适用15%的税率；二是参考例3并依据总分支机构处于不同税率地区的税收政策，逐步计算出A企业的减免税款。两种方法不能同时采用。

　　三、汇总纳税企业纳税申报的其他重要事项处理

　　1、关于分支机构以前年度亏损的处理

　　《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发[2008]28号）文件规定：“总机构和分支机构2007年及以前年度按独立纳税人计缴所得税尚未弥补完的亏损，允许在法定剩余年限内继续弥补。”解决了原独立核算分支机构的以前年度亏损额在新税法下如何处理的问题，其实质是2008年1月1日后分支机构以前年度的亏损额由法人企业一并弥补。

　　由于《企业所得税年度纳税申报表》（A类）中没有单独体现弥补分支机构以前年度亏损的行次，实际工作中，可以将其填列在附表四《弥补亏损明细表》第3列“合并分立企业转入可弥补亏损额”中。

　　2、主表第34行“本年累计实际已预缴的所得税额”存在的政策执行差异

　　汇总纳税政策规定：汇总纳税企业实现的预缴所得税，由总、分机构按分配比例于预缴时分别入库，其中50%在各分支机构间分摊预缴，50%由总机构预缴；总机构年终汇算清缴时统一计算、多退少补。与一般企业的纳税申报不同，汇总纳税企业填报的“本年累计实际已预缴的所得税”应包括按汇总纳税政策在总机构入库及向分支机构分配入库的本年度全部预缴税款。

　　执行中一些地区出于区域利益的平衡，分支机构未按总机构出具的分配表就地入库所得税，预缴税款或多或少，致使“本年累计实际已预缴的所得税”与实际不符，成为汇总纳税申报中较为突出的问题。

　　针对预缴税款未按规定入库的突出问题，国税函[2009]221号文件明确：“对应执行国税发[2008]28号文件规定而未执行或未正确执行上述文件规定的跨地区经营汇总纳税企业，在预缴企业所得税时造成总机构与分支机构之间同时存在一方（或几方）多预缴另一方（或几方）少预缴税款的，其总机构或分支机构就地预缴的企业所得税低于按上述文件规定计算分配的数额的，应在随后的预缴期间内，由总机构将按上述文件规定计算分配的税款差额分配到总机构或分支机构补缴；其总机构或分支机构就地预缴的企业所得税高于按上述文件规定计算分配的数额的，应在随后的预缴期间内，由总机构将按上述文件规定计算分配的税款差额从总机构或分支机构的预缴数中扣减。”从政策上要求：符合跨地区汇总纳税政策要求的分支机构，应按总机构分配表预缴税款。对不符合政策在当地多缴或少缴的所得税，应由分支机构主管税务机关在以后的预缴申报中解决，不能在总机构年度纳税申报表中反映。

　　例4：如果例1中的A企业2009年度1-4季度累计申报预缴所得税50万元，其中3季度分配表中分配西宁A3分公司所得税5万元，A3分公司在当地实际缴纳8万元，比分配税款多入库3万元，导致A企业2009年度全年实际缴纳所得税53万元，比应预缴的50万元多入库3万元。A企业2009年度纳税申报表主表第34行“本年累计实际已预缴的所得税额”填报50万元，多缴的3万元应由西宁A3分公司在2010年度预缴申报中扣减。

　　3、分支机构损失由分支机构主管税务机关审批

　　《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发[2008]28号）文件规定：分支机构的各项财产损失，应由分支机构所在地主管税务机关审核并出具证明后，再由总机构向所在地主管税务机关申报扣除。

　　新税法实施后，纳税人税前扣除资产损失的政策依据主要是《财政部国家税务总局关于企业资产损失税前扣除政策的通知》财税[2009]57号及《企业资产损失税前扣除管理办法》国税发[2009]88号两个文件。税务机关对税前扣除资产损失的审理是目前所得税管理中的重点及难点。实行法人税制后，纳税人无论资产损失发生在总机构还是分支机构，都由总机构汇总后申报扣除。因此总机构年度纳税申报扣除的资产损失包括由各分支机构主管税务机关在当地审批的资产损失，总机构税务机关可以事后向分支机构税务机关实地核查。

　　从征管现状考虑，总、分支机构异地经营，总机构主管税务机关异地审核分支机构发生的资产损失存在一定困难，由资产损失发生地的主管税务机关审核更符合征管实际。当然，法人税制带来分支机构主管税务机关管辖权减弱也是不争的现实。因此，做好对汇总纳税企业资产损失审核及其他事项的管理，需要总、分支机构的主管税务机关之间的密切协作和配合，进一步在征管实践中完善对汇总纳税企业的所得税管理。