土地增值税自1994年开征以来，一直存在“高税率、低税负”状况，未从根本上调节房地产转让的级差收益问题。虽然国家税务总局部署从2007年开始，全面开展土地增值税清算，但政策本身存在的不严谨、不周全等诸多缺陷，直接影响着土地增值税清算的实际效果。存在的问题主要有：

     一、征税范围确定不合理

     现行政策规定，只有转让国有土地使用权、地上建筑物及其附着物并取得收入的行为，才是土地增值税的征税范围。这样的规定有两点不合理：一是仅对转让国有土地使用权征收土地增值税，对转让集体使用权不征收土地增值税。但实际上既有国有土地使用权转让，也存在着大量集体土地使用权转让开发，这部分发生在集镇开发和城市边缘地带的集体土地使用权转让，由于只合理合情，却不合法，没走招标拍卖程序，土地成本较低，土地增值额较高，反而不征土地增值税，仅征收营业税等相关税收，造成开发商之间的税负不公。二是只对转让的房地产征收土地增值税，不转让的不征收。国家税务总局明确规定，只要土地使用者享有占有、使用、收益或处分土地的权利，且有合同等证据表明其实质转让、抵押或置换了土地，并取得相应的经济利益，既使未进行产权变更，土地使用者及对方当事人就应当依法缴纳营业税、土地增值税和契税等相关税收。但实际清算中，很难取得证明土地使用权实质性转让的相关证据，由于转让合同只相当于“君子协定”，未经相关管理部门备案，不受法律保护，税务机关难以取得，也无法实施有效征管。笔者认为，对不受法律保护的交易行为，不应视同房地产转让，不应纳入土地增值税征税范围，而应由相关部门依照相关法律予以处理。

     二、计税依据确定不严密

      ㈠房地产转让收入确认时间与实际情况脱节。目前，土地增值税规定的转让收入确认时间为，房地产转让合同签订之日。一般情况下，签订转让合同、收取房款、移交房产、开具发票和产权过户等环节，存在明显的时间差异，仅以签订合同认定房地产转让收入，与收取房款、产权交割存在一定差距，不尽合理。笔者认为，应按权责发生制原则确认房地产转让收入，在签订房地产转让合同并经房地产管理部门登记之日，或开具房地产销售发票之日，即受法律保护的产权转移之日确认收入实现。对开发商在此前取得的房地产转让收入，按规定预缴土地增值税。

     ㈡扣除项目金额确认存在缺陷

      1、土地征用及拆迁补偿费确认依据未明确。土地征用及拆迁补偿费，是指在房地产开发过程中发生的征地费用、拆迁建筑物和附着物的费用，解决拆迁住房和安置被拆迁者工作及补偿费用等支出，包括土地征用费、耕地占用税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等。由于补偿费用不属于生产经营性活动，不能开具发票，相关政策也未作明确，不利于该项费用确认。笔者认为，房地产开发企业应凭补偿协议和被迁者补偿款收据，到税务机关开具发票，作为扣除项目有效凭证。

      2、房地产开发费用按比例扣除不准确。与房地产开发有关的财务费用，既可凭金融机构证明，据实扣除同期同类贷款费用，又可按土地成本和开发成本的5%直接扣除财务费用，管理费用和销售费用等则直接按土地成本和开发成本的5%扣除。这种制度设计，可能是出于方便清算的考虑，但实际上造成鼓励开发商不提供相关帐证，多扣开发费用。主要有三个方面瑕疵：一是实际发生的房地产开发费用，与土地成本和房地产开发成本的关联度并不大，往往扣除金额与实际发生的差异较大。二是如果实际列支的开发费用小于按比例计算的金额，那么差额部分的房地产开发费用，就等于没有有效凭证而被扣除了。三是财务费用扣除往往是按比例扣除大于据实扣除金额。理由是房地产开发项目只有取得《国有土地使用权证》、《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》和《建设施工许可证》后，并且自有资金不得低于开发项目总投资的30%时，才有可能获得银行贷款，这就说明土地成本一般都开发商自有资金支付，不须支付利息，且房地产开发项目借款金额最多只能占全部投资的70%，多数开发商还通过预售房款、施工方垫资和赊购建筑材料等方式，获取无息资金。因此，一般情况下，据实扣除的财务费用大于按比例计算的财务费用，也就造成有的开发商故意找借口不提供金融机构证明，以增加财务费用扣除金额。

     ㈢土地成本分摊方法过于简单

      当前政策规定，土地成本按清算项目可售建筑面积占多个项目可售总建筑面积的比例或其他合理的方法，分摊计算确定清算项目的扣除金额。目前多采取按建筑面积分摊。此分摊方法简便、可操作性强，但有时不合理。如，某大厦有100个单元，一层为商铺10个单元，其他为住宅90个单元，且建筑面积均相同。如此大厦地价100万元，则每个单元应承担总地价1/100，即1万元。这与商铺所占用的一层土地商业价值差异较大，造成商铺增值多、税负重等诸多问题。因此，笔者认为，按建筑面积分摊主要适用于用途相同且价格差异不大的项目单元之间分摊，如用途单一的住宅、办公楼。除此之外，还有以下两种方法可供选择。

     1、按土地价值分摊。从理论上看，各项目均有价值差异，撇开项目特殊装饰不谈，应是土地的垂直立体效果和位置不同，所带来的利益不同造成的。建安成本是按每平方米计算的，不论楼层高低，差异不大。因此，某项目的土地成本应为：某项目地价=总地价*（某项目售价－该项目建筑成本）/（整个项目总售价－建筑总成本）。

     2、按基准地价分摊。地价是地租的资本化，一般情况下商业用地的地租比住宅用地的地租高，基准地价也规定住宅用地地价一般是商业用地地价的60%左右。如果按基准地价的比例，分摊各项目承担的土地成本，则更符合实际情况。

     三、计税项目确定不合情

      房地产开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅，如何计算土地增值税存在两种观点，其一：要分开计算，且相互之间不能抵减增值额，理由是国税发［2006］187号文规定：开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。其二：是否分开计算，由纳税人根据自身情况选择。理由是《土地增值税条例实施细则》第八条规定，土地增值税以房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算，同时财税［1995］48号文规定：对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额，未分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能享受相关免税优惠。笔者认为，开发项目中同时包含着普通住宅和非普通住宅，有可能存在普通住宅出现负增值，而非普通住宅出现较多增值，合并计算则可能是负增值或较少增值，这就存在分开算和合并算完全不同的结果。如果硬性要求分开计算，不利于鼓励开发商以丰补歉，连片综合开发，也有悖于保护开发商合法利益的原则。