2005年12月，国家税务总局制定下发了〈关于印发《企业所得税汇算清缴管理办法》的通知〉（国税发[2005]200号）。办法所指企业所得税汇算清缴，是指纳税人在纳税年度终了后4个月内，依照税收法律、法规、规章及其他有关企业所得税的规定，自行计算全年应纳税所得额和应纳所得税额，根据月度或季度预缴所得税的数额，确定该年度应补或者应退税额，并填写年度企业所得税纳税申报表，向主管税务机关办理年度企业所得税纳税申报、提供税务机关要求提供的有关资料、结清全年企业所得税税款的行为。
   （一）办法规定的主要内容
   1、明确了所得税汇算的范围
   实行查账征收和实行核定应税所得率征收企业所得税的纳税人，无论是否在减税、免税期间，也无论盈利或亏损，都应按照条例及其实施细则和本办法的有关规定进行汇算清缴。
实行核定定额征收企业所得税的纳税人，不进行汇算清缴。
纳税人在年度中间发生解散、破产、撤销情形的，应在清算前报告主管税务机关，办理当期企业所得税汇算清缴；
   纳税人有其他情形依法终止纳税义务的，应当在停止生产、经营之日起60日内，向主管税务机关办理当期所得税汇算清缴。
   纳税人在一个纳税年度的中间开业，或者由于合并、关闭等原因，使该纳税年度的实际经营期不足12个月的，应当以其实际经营期为一个纳税年度。
纳税人清算时，应当以清算期间作为一个纳税年度。
   2、提出了汇算的要求
纳税人在进行企业所得税汇算清缴时，应按照税收法律、法规和企业所得税的有关规定进行纳税调整。
纳税人需要报经税务机关审核、审批的税前扣除、投资抵免、减免税等事项，应按有关规定及时办理。
纳税人在规定的年度纳税申报期内，发现纳税申报有误的，可在年度纳税申报期内重新办理纳税申报。
   3、明确了汇算时间
   第四季度雨脚企业所得税的时间界限：纳税人12月份或者第四季度的企业所得税预缴纳税申报，应在纳税年度终了后15日内完成。
    年度汇算清缴的时间界限： 纳税人除另有规定外，应在纳税年度终了后4个月内，向主管税务机关报送《企业所得税年度纳税申报表》和税务机关要求报送的其他有关资料，办理结清税款手续。
经营人寿保险业务的保险企业，申报时间可延迟至年度终了后6个月内。
实行核定定额征收企业所得税的纳税人，按月申报纳税（月末15日内），不进行汇算清缴。
   4、延期申报、误报更正
纳税人因不可抗力，不能按期办理纳税申报的，可按照征管法及其实施细则的规定，办理延期纳税申报。
纳税人在规定的年度纳税申报期内，发现纳税申报有误的，可在年度纳税申报期内重新办理纳税申报。
   5、统一了年度企业所得税申报资料
纳税人（包括汇总、合并纳税企业及成员企业）办理企业所得税年度纳税申报时，应如实填写和报送下列资料：
   （1）企业所得税年度纳税申报表及其附表；
   （2）企业会计报表（资产负债表、利润表、现金流量表及相关附表）、会计报表附注和财务情况说明书；
   （事业单位为各类收支与结余情况、资产与负债情况、人员与工资情况及财政部门规定的年度会计决算应上报的其他内容）
   （3）备案事项的相关资料；
   （4）主管税务机关要求报送的其它资料。
纳税人采用电子方式办理纳税申报的，应附报纸质纳税申报资料。
   （5）纳税人在办理年度企业所得税纳税申报时，如委托中介机构代理纳税申报的，提供水务师事务所出具的有关报告，税务师事务所出具的报告应包括纳税调整的项目、原因、依据、计算过程、调整金额等内容。
    6、年度纳税申报税款清算的处理
    纳税人在纳税年度内预缴的税款少于全年应纳税额的，应在汇算清缴期限内结清应补缴的税款；预缴的税款超过全年应纳税额的，主管税务机关应及时办理退税或者抵缴其下一年度应缴纳的所得税。
 纳税人补缴税款确因特殊困难需延期缴纳的，按征管法及其实施细则的有关规定办理。
   7、明确了企业年度纳税申报的法律责任及争议处理
   纳税人应当根据税收法律、法规和有关税收规定正确计算应纳税所得额和应纳所得税额，如实、正确填写企业所得税纳税申报表及其附表，完整报送相关资料，并对纳税申报的真实性、准确性和完整性负法律责任。
   主管税务机关受理纳税人年度纳税申报时，应对企业年度纳税申报表的逻辑性和有关资料的完整性、准确性进行审核，并及时办结企业所得税多退少补或抵缴其下一年度应纳所得税款等事项。
纳税人未按规定期限进行汇算清缴和与税务机关在纳税上发生争议，按征管法及其实施细则的有关规定办理。
   8、汇总（合并）纳税企业及成员企业的年度汇算
   经批准实行汇总或合并申报缴纳企业所得税的总机构或集团母公司（以下简称汇缴企业），应在汇算清缴期限内，向所在地主管税务机关报送汇总各成员企业的《企业所得税年度纳税申报表》、本办法第七条所规定的有关资料及各个成员企业的《企业所得税年度纳税申报表》，统一办理汇缴企业及其成员企业的企业所得税汇算清缴。
   汇缴企业应根据汇算清缴的期限要求，对各个成员企业规定向汇缴企业报送规定的有关资料的期限。成员企业向汇缴企业报送的资料，必须经成员企业的主管税务机关审核。
   9、调整汇总（合并）纳税企业（以下简称汇缴企业）所得税纳税申报及汇算清缴
目前，部分汇缴企业采用了省级或市（州）级集中核算的财务管理体制，对其成员企业进行收支两条线管理，其成员企业无法完全核算其成本、费用等，鉴于部分汇缴企业的实际情况，省局决定调整其汇算清缴方法。
   1、对财务管理集中在省（市、州）级核算的汇缴企业，可由其省（市、州）级成员企业向同级国税机关提出集中纳税和汇算清缴申请，同级国税机关按照总局对所得税纳税人条件的有关规定进行审核批复后，企业可在其集中核算级次向主管国税机关办理所得税集中纳税和汇算清缴。经批准实行集中纳税和汇算清缴的市（州）、县（区）成员企业仍应按期向主管国税机关报送季度和年度所得税纳税申报表。
   2、汇缴企业的年度纳税申报表要按规定逐级进行审核，加盖"企业所得税汇算清缴审核专用章"；经批准实行集中纳税和汇算清缴的汇缴企业，可在集中核算级次直接向主管国税机关进行年度纳税申报并进行汇算清缴，由主管国税机关进行审核和签章，其下属成员企业的年度纳税申报表可不再进行审核和签章；
   3、除在省级集中办理所得税汇算清缴的汇缴企业外，其他汇缴企业要汇集其下属独立核算级次成员企业经主管国税机关、市（州）国税机关审核签章的年度纳税申报表后，向其省级成员企业的主管国税机关进行纳税申报；需要上报总机构进行汇总纳税的，其省级成员企业的主管国税机关要对其年度汇总纳税申报表进行审核签章，签署意见后上报。
   4、"汇总纳税成员企业纳税情况反馈单"由其省级成员企业于6月底前向主管国税机关反馈，主管国税机关受理并签署意见后，由省级成员企业送达市（州）及县（区）成员企业，报市（州）及县（区）主管国税机关备查。7月1日后，对未提供"汇总纳税成员企业纳税情况反馈单"的汇缴企业及成员单位，主管国税机关可在其独立核算级次就地征收企业所得税。
   10、税务机关在汇算工程中的主要工作
   部署宣传
   （1）结合当地实际，对每一纳税年度的汇算清缴工作进行统一安排和组织部署。税务机关内部各职能部门应充分协调和配合，共同做好汇算清缴的管理工作。
   (2)在汇算清缴开始之前和汇算清缴期间，为纳税人提供优质服务。应通过多种形式进行企业所得税的政策宣传，使纳税人了解企业所得税的政策规定，特别是了解当年出台的新政策和涉及纳税调整的政策；应通过各种途径向纳税人说明汇算清缴的工作程序和要求。
   总结检查评估
   汇算清缴工作结束后，各级税务机关应认真总结，写出书面报告逐级上报。
   汇算清缴工作结束后，税务机关应组织开展企业所得税纳税评估和检查。纳税评估的对象、内容、方法、程序等按照国家税务总局的有关规定执行。
   （二）变化的内容
   1、明确了汇算清缴的主体为纳税人。
   2、适当延长了年度纳税申报时间。   
   3、进一步规范了税务管理行为。 
   4、增加了优化服务的规定。
   （三）对企业的影响
   1、增加了汇算清缴的难度
   2、增加了企业的纳税风险