税收治理作为国家治理体系的重要支柱，其制度设计与执行效能直接关系到国家治理现代化水平。在我国财税体制改革持续深化的背景下，事业单位作为提供公共服务的关键主体，其税收管理问题日益凸显。据统计，2024年全国公立医院达11,772家，全国各级各类学校约47万所，庞大的事业单位群体所涉税收事务，对国家税收治理和公共服务供给有着深远影响。然而，事业单位非营利属性与市场化运营边界税务模糊，税收优惠政策的不确定性，税收管理实践中常出现“管不好、理不清”的困境，关乎国计民生。

公立医院作为事业单位的典型代表，其企业所得税免税问题具有突出的代表性和研究价值。本文以公立医院企业所得税免税事项为研究对象，通过梳理历史政策沿革，深入探讨医疗服务收入企业所得税征免的关键问题，以期为完善税收政策、提升公立医院税收治理水平提供理论参考。

一、公立医院发展历程与企业所得税政策演变

（一）计划经济下的全面免税模式

新中国成立初期，我国医疗卫生体系基础极为薄弱，医疗资源主要由教会医院、私立诊所及少量公立机构构成。1950 年，第一届全国卫生工作会议确立构建覆盖全国的公立医院网络战略，形成 “省地县”三级医疗体系，公立医院作为非营利性事业单位，承担基本医疗保障职能。

这一时期，在计划经济体制主导下，公立医院收支全额纳入国家预算，收入上缴财政，支出由财政拨款，政府通过直接财政手段保障医院运营。相应地，税收政策实行全面免税：1950年卫生大会提出 “医院、诊所接受一定战情任务，免除工商业税”，免税范围涵盖所有医疗服务收入及财政拨款；1955年《关于贯彻医疗机构免征工商业税的通知》进一步明确医疗机构一律“免征工商业税”（含营业税和所得税）。

这一阶段“财政统管+全面免税”的公立医院税收政策，产生了显著的积极影响。在其推动下，我国医疗体系建设进程加快，全国公立医院网络快速成型，实现了医疗服务的普惠性供给。不过，该政策依赖政府财政无限投入，随着经济规模不断扩大，其弊端逐渐显现，难以为继。

（二）政策调整与过渡阶段

在计划经济体制下，我国医疗医药价格受到严格管控，医疗服务定价长期低于实际成本，致使公立医院陷入长年亏损、运营举步维艰的困境。1985年4月，卫生部发布《关于卫生工作改革若干政策问题的报告》并获国务院批准，开启医疗卫生领域“放权”改革：允许医院自主创收，鼓励医生多点执业，赋予医院人事自主权，同时积极吸引社会资本参与医疗建设。在此背景下，公立医院税收政策也随之进行了相应调整。

这一时期政策调整主要受两大关键因素影响。其一，1983年启动的国营企业“利改税”财政体制改革，将企业利润上缴模式转变为所得税征收，为公立医院税收政策调整埋下伏笔；其二，1997年1月，《中共中央、国务院关于卫生改革与发展的决定》明确公立卫生机构作为非营利事业单位，可继续享受税费优惠政策，为公立医院税收政策的制定提供了重要依据。

从公立医院自身属性来看，作为事业单位，其运营主要依赖财政拨款，核心医疗服务收入通常被认定为非营利性质，因而在政策上一般不被纳入企业所得税征收范围。1994年税制改革后，企业所得税制度初步实现内资企业统一。但在这一阶段，公立医院税务处理仍具显著特殊性。一方面，财政部和国家税务总局未出台全国性文件明确将公立医院纳入企业所得税征收对象，实践中多数地方也未对公立医院开展企业所得税征收工作，公立医院核心医疗服务收入仍处于未被明确征税的状态；另一方面，对于公立医院开展房产出租等非医疗服务经营性活动所获收入，部分地方可能对其征收企业所得税，但征税范围和标准并不统一，存在较大的地方性差异，税收政策执行缺乏统一性和规范性。

（三）分类管理时期

将医院推向市场后，公共财政对医院的投入逐步减少，“以药养医”现象日益凸显，“看病难、看病贵” 成为社会和民众关注的焦点问题，推动我国开启医疗体制改革。2000年至2007年是我国医疗体制改革的关键阶段，在此期间，公立医院的企业所得税政策经历了从传统免税模式向分类管理下的政策调整过程。

2000 年，国务院发布《关于城镇医药卫生体制改革的指导意见》（国办发〔2000〕16 号），首次提出将医疗机构划分为营利性和非营利性两类进行管理。根据这一分类，公立医院被明确归类为非营利性医疗机构，可享受相应税收优惠政策。

为贯彻落实医疗机构分类管理改革，财政部、国家税务总局于 2000年7月联合发布《关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税〔2000〕42 号），明确非营利性医疗机构（含公立医院）按国家规定价格取得的医疗服务收入免征企业所得税；房产租赁、培训、对外投资等非医疗服务收入需依法纳税。

在2000年至2007年期间，公立医院的企业所得税政策严格以财税〔2000〕42 号文件为遵循，形成了“分类管理、区别对待”的政策框架。这一政策的主要目标是通过税收优惠支持公立医院保持公益性定位，保障基本医疗服务的可及性。

（四）现代税制规范期

随着市场经济发展，原有按所有制类型分别立法的企业所得税制度，因内外资企业税负不均、税制复杂等问题，难以适应经济全球化和市场经济体制完善需求。加入 WTO 后，为营造公平税收环境、接轨国际税制，2008年《企业所得税法》及其实施条例正式实施，统一企业所得税制度。

在此背景下，公立医院企业所得税处理面临新变化。新法实施后，部分观点认为，依据 “2008 年 1 月 1 日之前实施的其他企业所得税优惠政策一律废止”（财税〔2008〕1 号），公立医院医疗服务收入不再享受免税优惠，应纳入应税收入。这一争议源于新旧政策衔接的模糊性，也反映出公立医院在新税制下税收政策适用的复杂性。

通过梳理公立医院企业所得税政策演变过程可知，在 2008 年以前，公立医院的医疗服务收入基本被纳入免税范畴；而自 2008 年《企业所得税法》实施后，关于其医疗服务收入是否仍属于免税收入，在政策适用和实务操作层面均存在较大争议。此外，长期以来，受事业单位属性、非营利定位以及历史税收政策惯性的多重影响，公立医院普遍存在税务管理意识淡薄、重视程度不足的问题。鉴于此，深入且全面地论证与分析公立医院企业所得税免税收入相关问题十分必要，这不仅有助于公立医院规范企业所得税处理，推动财税管理迈向规范化、专业化发展轨道，同时，也将进一步明晰模糊事项，减少执法争议，实现税收公平与公共服务效能的双重提升。

二、现行税制下公立医院免税收入的税法体系架构

在现行企业所得税法体系框架下，公立医院作为非营利组织，其免税收入的相关规定已形成一套法律规范体系，具体包括以下几个层级：

（一）法律规定

《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条第四项明确规定，“符合条件的非营利组织的收入”属于免税收入。这是非营利组织享受税收优惠的法律依据。依据此条款，判断非营利组织收入是否免税，关键在于两点：一是该组织是否为符合条件的非营利组织，二是其收入是否属于免税范畴。

（二）行政法规

国务院发布的《企业所得税法实施条例》分别对上述两个关键点做出了进一步的阐述：

1、免税资格方面的规定

关于如何确定是否为符合条件的非营利组织，《企业所得税法实施条例》第八十四条详细列举了需同时满足的七项条件，包括依法登记、从事公益或非营利活动、收入仅用于组织相关支出或章程规定的非营利事业、禁止财产分配、剩余财产用于公益目的、出资人不保留财产权利、人员薪酬支出受比例限制。这些要件从主体资格、活动性质、收支管理、财产处置等多维度确立了非营利组织的认定标准，体现了“非营利性”这一本质特征，同时授权财税部门制定具体认定办法。

2、免税收入方面的规定

《企业所得税法实施条例》第八十五条规定：“企业所得税法第二十六条第（四）项所称符合条件的非营利组织的收入，不包括非营利组织从事营利性活动取得的收入，但国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。”结合此条款，我们不免得出这样一个结论，若为符合条件的非营利组织，其非营利性活动收入是免税的，营利性活动收入是应税的，在此之下，主管部门可做特别规定。

（三）部门规范性文件

针对上述两个关键问题，财政部、税务总局又发布了对应的规范性文件。

1、免税资格方面的规定

《财政部 国家税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税〔2018〕13号）明确了非营利组织申请免税资格需同时满足依法登记、从事公益活动、收入用于非营利事业等8项条件，规定了分级申请程序（省级或地市/县级税务机关）及需提交的8类材料，资格有效期为5年且需进行复审。文件强化动态监管，列出6种取消资格情形（如虚假申报、信用不良等），并明确违规处理措施，自2018年1月1日起实施。

2、免税收入方面的规定

2009年财政部、国家税务总局联合发布的《关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》（财税〔2009〕122号）（以下简称“122号文”）具体列举了五项免税收入类型，包括接受捐赠收入；除《企业所得税法》第七条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入；按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费；不征税收入和免税收入孳生的银行存款利息收入财政部、国家税务总局规定的其他收入。

（四）地方规范性文件

针对非营利组织免税资格的认定，各地方财政厅、税务局等会发布规范性文件（如《关于开展2025年非营利组织免税资格认定和公益性捐赠税前扣除资格确认工作的通知》（甘财税〔2025〕5号））对免税资格的申请方式、申请材料、申请时间做出进一步的规范，企业按照要求进行申请，财政、税务部门按照管理权限，对非营利组织享受免税的资格联合进行审核确认，并定期予以公布。

三、公立医院免税收入的争议焦点

关于公立医院乃至非营利组织享受免税收入政策，当前存在两大争议点：

（一）免税资格认定的溯及力问题

公立医院在2008年《企业所得税法》实施前，其医疗服务收入依据原政策免缴企业所得税。新法实施后，因对政策衔接的认知不足，未能及时关注政策变动，也未及时申请免税资格认定。由此产生的争议是：公立医院在未申请认定、未取得免税资格期间，若实质上符合免税资格条件，其在此期间取得的属于应免税收入范围内的收入，能否追溯享受税收优惠？还是必须待正式取得免税资格后，方可适用免税政策？

（二）免税收入范围的界定争议

关于符合条件的非营利组织的免税收入，122号文的发布在实践中引发了理解分歧：即122号文规定的5项免税收入究竟是对《企业所得税法》及其实施条例相关规定的补充性列举，还是排他性限定？换句话说，也就是除122号文规定的5项免税范围外的其他非营利活动产生的收入是否免税？作为公立医院，其取得的医疗服务收入是否需要缴纳企业所得税？

四、争议分析

针对上述两项争议，我们分析了相关的政策文件，结合法律法规等体系架构，存在如下的理解：

（一）免税资格争议分析

根据《企业所得税法》第二十六条及《企业所得税法实施条例》第八十四条、第八十五条的明确规定，只有“符合条件的非营利组织” 才有资格享受免税优惠政策。而这里所提及的“符合条件”，并非组织自行认定，而是需要经过财政、税务部门联合审核认定这一法定程序。从政策执行的程序要求来看，非营利组织必须严格按照《财税 [2018] 13 号》文件的规定，准备并提交一系列完整材料，包括审计报告、资金来源说明、组织章程、年度活动报告等，全面展示组织的运营情况、财务状况、活动性质等关键信息。提交材料后，需经税务机关严格审核，并通过公示等环节接受社会监督，最终获得免税资格认定。若未经这一规范程序认定，即便非营利组织实质上长期从事非营利活动，且各项指标均符合免税条件，其取得的收入也不能自动适用免税政策。

对于在未认定期间，实质符合免税条件但因程序缺失而未取得免税资格的非营利组织，目前我国现行政策并未给出明确的追溯适用规定。《财税 [2018] 13 号》文件仅明确规定非营利组织免税资格自批准之日起生效，对于能否补办认定手续以及能否追溯享受此前的税收优惠，未作具体说明。在实际税务处理中，这类情况往往依赖税务机关的自由裁量，且裁量可能考量材料补正完整性、收支核算规范性等因素。

（二）免税收入争议分析

对于免税收入的界定究竟是5项还是包含其他非营利性活动的收入，我们可以从法理和定价等角度进行分析：

1、法理角度分析

税收法定原则作为现代税法的核心基石，是贯穿税收立法、执法与司法全流程的根本性准则，其核心要义在于税收要素法定与税收程序法定。纳税人资格认定、征税对象界定、计税依据核定以及减免税政策适用等关键税收要素，均需以法律形式予以明确，确保税收权力行使于法律框架之内。财政部、国家税务总局制定的部门规范性文件，本质上属于对法律的细化解释与补充，不得超越法律授权范围创设新的税收规则，无权减损法律赋予的权利。也就是说，主管部门被授权所作出的规定不应违背法律法规的规定。基于此，122号文若被理解为排他性限定，即除122号文规定5项外非营利组织其他收入均应缴纳企业所得税，则实质上缩小或者说是削减了《企业所得税法》及实施条例规定的非营利性组织的免税收入范围，显然违背了"下位法不得抵触上位法"的基本法理，因此，我们认为122号文应理解为对部分免税收入的示例性说明，而非对免税范围的限制性规定。

举个例子来说，假设会议主办方通知，会议结束后，参会人员向右拐，前往餐厅参加晚餐。之后，考虑到纪律要求，行政机关领导补充通知，行政机关工作人员不能参加晚宴。这样，会议室里的人就分成了能参加和不能参加晚宴的两类。接着，会务方又补充说，会议过程中的沏茶倒水人员、会议记录人员、会议服务人员可以参加晚宴。会议结束后，哪些人能参加晚宴呢？存在两种理解。第一种理解遵循主办方的意思，即除因纪律要求不能参加的行政机关工作人员外，其他人都可参加，包括非行政机关的参会人员与会务服务人员；第二种理解源于会务方，认为只有沏茶倒水、记录等会务服务人员能参加晚宴，行政机关工作人员和其他参会人员均不能参加，因为会务通知列举的是会务人员能参加。显然，第二种理解限制了主办方通知的范围，削减了能参加晚宴的人员数量，它与主办方通知相互排斥而非互补，第一种理解则相反。

把该案例中的参会人员对应为非营利组织的收入，将行政机关工作人员对应为营利性活动取得的收入，沏茶倒水、会议记录等人员对应为5项特殊免税收入，这样就能清晰理解争议问题的本质。显然，会议中仅允许会务服务人员参会并不合适，同理，仅规定5项特殊收入免税也不符合政策逻辑。当前，有些意见仅依据122号文，认为122号列举的5项为免税收入，除此之外的收入全部为应税收入，这种意见完全摈弃了企业所得税法及实施条例的规定，未免太过偏颇。

2、价格核定角度分析

公立医院作为承担公共服务职能的事业单位，其运营管理具有以下典型特征：首先，从组织性质来看，严格遵循非营利性原则，其设立不以营利为目的，所有收益均不得用于成员分配。其次，在价格形成机制方面，公立医院医疗服务价格实行政府指导价管理，现行定价机制中不包含企业所得税，将收入作为免税收入进行了考量，若对此类收入征税，将导致定价机制扭曲：要么医疗服务价格被迫提高，增加群众负担；要么医院运营资金短缺，影响服务质量。这种政策变动最终将损害社会公共利益，加重群众负担，与政府促进基本公共服务均等化的政策目标背道而驰。   

关于非营利组织免税收入问题，正确的理解应当是“免税为原则，征税为例外”，即除明确属于营利性活动的收入外，非营利组织为实现其宗旨取得的收入原则上应享受免税待遇。122 号文列举的五类收入仅为典型示例，而非穷尽式规定。因此，公立医疗机构提供的非营利性医疗服务收入应当纳入免税收入范畴。

综上所述，公立医院医疗服务收入符合条件时应属免税范畴。但公立医院不可因历史免税政策惯性而忽视新规要求，必须严格依照《企业所得税法》等规定，及时申请免税资格认定。

在实操层面，公立医院应密切关注地方税务部门发布的免税资格认定通知与申报安排。以甘肃地区为例，其申报周期通常较短（仅约 1 个月），医院需提前规划，系统整理章程、资金流水、年度财务报告等必备材料，根据注册登记机关的行政层级，向对应税务机关提交规范申请，避免因材料不全、逾期申报导致税务风险。对于尚未完成免税资格认定的机构，建议主动与主管税务机关沟通，积极补正材料，争取追溯认定，切实维护税收优惠权益。