2025年1月，甘肃省财政厅和国家税务总局甘肃省税务局联合发布了《总分机构纳税人增值税汇总计算缴纳办法》（甘财税〔2025〕2号），废止了2021年发布的《总分机构纳税人增值税汇总计算缴纳办法》（甘财税〔2021〕9号）。新文件在原有政策基础上进行了多项优化和调整，旨在进一步规范跨地区经营总分机构的增值税汇总计算缴纳，优化营商环境，支持企业健康发展。本文将从变化内容、变化的必要性、对适用企业的影响以及可能存在的问题和遗漏四个方面进行分析，并提出企业的应对建议。

一、变化内容

经对比分析，主要变化内容如下：

（一）申请条件细化

时间范围调。2021年文件中，申请条件要求“自申请增值税汇总核算起前三个年度内”未发生税收违法行为；2025年文件将时间范围调整为“前36个月内”，表述更加精确。

纳税信用等级要求。2025年文件进一步明确了总分机构的纳税信用等级不能为D级，强化了对企业合规经营的要求。 

（二）税款计算和分配的优化

留抵税额处理。2025年文件新增了分支机构执行增值税汇总计算前形成的期末留抵税额的处理方式，明确可通过开票申报汇总至总机构统一计算。

分配表的编制和传递。2025年文件明确了总机构需按月（或按季）编制《甘肃省总分机构增值税分配明细表》，并传递给各分支机构，进一步规范了税款分配流程。

（三）监督检查的强化

违规处理措施。2025年文件新增了总分机构违规行为的处理措施，例如责令整改或取消适用本办法，进一步强化了税收征管的严肃性。

退出机制。2025年文件新增了总分机构退出增值税汇总计算的申请流程，为企业提供了更多灵活性。 

（四）财政机关的参与

2025年文件中，主管税务机关需会同同级财政机关逐级上报至省税务局、省财政厅，强调了财政机关的参与，进一步规范了审批流程。

新旧政策的变化，对适应经济发展需求、提高税收征管效率、加强风险防控及优化营商环境都有重要意义。

随着甘肃省内跨地区经营企业的增多，原有的增值税汇总计算办法可能无法满足实际需求。新文件通过细化条件和流程，更好地支持企业健康发展；新文件明确了总分机构增值税的计算和分配方法，简化了纳税申报流程，有助于提高税收征管效率，降低企业合规成本；通过新增纳税信用等级要求和违规处理机制，新文件有助于防范虚开发票、偷逃税款等税收违法行为，维护税收秩序；新文件通过统一核算和分配增值税，减少了地区间财政利益分配的矛盾，有助于优化营商环境，促进区域经济协调发展。

二、对适用企业的影响

（一）税负影响

对于符合条件的总分机构，增值税汇总计算可以优化进项税额抵扣，降低整体税负。同时对于不符合条件的企业，可能无法享受汇总计算的便利，税负相对较高。

（二）合规成本

符合条件的总分机构可以通过统一核算和申报，减少重复申报的工作量，降低合规成本。

对于不符合条件的企业，可能需要调整经营管理模式以满足申请条件，短期内可能增加合规成本。 

（三）经营管理影响

 新文件要求总分机构实现统一采购、统一配送和统一核算，有助于企业提升内部管理水平。企业需要具备计算机联网和实时监控能力，可能增加信息化建设的投入。

（四）区域经济影响

通过增值税汇总计算和分配，减少了地区间财政利益分配的矛盾，有助于促进区域经济协调发展。

三、可能存在的问题和遗漏

在看到新政策积极一面的同时，也还有值得关注的问题或者遗漏，需要在执行中不断完善。

一是申请条件过于严格

新文件对总分机构申请增值税汇总计算的条件进行了细化，例如要求总分机构均为增值税一般纳税人、年度销售额达到一定门槛（同一地级行政区范围内跨县区经营的需达到2000万元以上，跨地级行政区范围经营的需达到1亿元以上），且纳税信用等级不能为D级。这些条件可能对中小型企业形成较高的门槛，限制了其享受政策红利的机会。

部分中小型企业可能因不符合条件而无法享受增值税汇总计算的便利，增加了其税负和合规成本。 

二是信息化要求较高

新文件要求总分机构实现计算机联网、实时监控货物移送、销售收入实现和发票开具等情况。这对企业的信息化建设提出了较高要求，尤其是信息化水平较低的中小型企业可能难以满足。

企业可能需要投入大量资金和人力资源进行信息化改造，短期内增加了经营成本。

三是退出机制的不明确

虽然新文件新增了总分机构退出增值税汇总计算的申请流程，但并未详细说明退出后的税务处理方式，例如如何处理已分配的税款、留抵税额等。

企业在退出增值税汇总计算时可能面临税务处理的不确定性，增加了合规风险。

四是财政利益分配的潜在矛盾

新文件通过增值税汇总计算和分配，减少了地区间财政利益分配的矛盾，但在实际操作中，如何确保分配比例的公平性和透明度仍可能存在争议。

如果分配比例不合理，可能导致部分地区财政收入减少，影响地方经济发展。

五是监督检查的执行力度

新文件虽然强化了监督检查和违规处理措施，但在实际执行中，可能存在监管力度不足、信息共享不畅等问题。

如果监督检查不到位，可能导致部分企业继续存在虚开发票、偷逃税款等违法行为，影响税收秩序。

六是未明确过渡期安排

新文件未对从旧政策过渡到新政策的过渡期安排进行详细说明，例如如何处理已按旧政策申报的税款、如何调整已分配的税款等。

企业在过渡期内可能面临税务处理的不确定性，增加了合规风险。

六是未考虑特殊行业的需求

新文件未针对特殊行业（如建筑业、房地产业等）的增值税汇总计算需求进行特别规定，可能导致这些行业在实际操作中遇到困难。

特殊行业的企业可能无法充分利用增值税汇总计算的政策红利，增加了税负和合规成本。

七是未明确税收优惠政策的适用

新文件未明确总分机构在执行增值税汇总计算时，如何适用现有的税收优惠政策（如研发费用加计扣除、绿色税收优惠等）。

企业在享受增值税汇总计算便利的同时，可能无法充分利用其他税收优惠政策，增加了税负。 

五、企业的应对建议

首先，及时了解政策变化。企业应及时了解新文件的具体内容，评估对自身的影响，确保合规经营。

其次，结合自身情况调整税务筹划策略。企业应根据新文件的要求，调整税务筹划策略，充分利用政策红利，降低税负。

第三，提升内部管理水平。企业应加强内部管理，实现统一采购、统一配送和统一核算，提升信息化水平，以满足申请条件。

第四，加强与税务机关的沟通。企业应加强与税务机关的沟通，及时了解政策执行细节，确保申报流程的顺利进行。

第五，关注纳税信用等级。企业应重视纳税信用等级管理，避免因信用等级不达标而无法享受政策优惠。

第六，争取信息化支持。企业可积极争取政府提供的信息化建设支持，降低信息化改造成本。

最后，评估退出机制的适用性。企业在考虑退出增值税汇总计算时，应提前评估税务处理的不确定性，并与税务机关充分沟通。

“甘财税2025 2号”文件在优化总分机构增值税汇总计算缴纳方面取得了显著进展，但仍存在一些问题和遗漏。通过放宽申请条件、提供信息化支持、完善退出机制、优化财政利益分配、加强监督检查等措施，可以进一步提升政策的公平性和可操作性，支持企业健康发展。企业应密切关注政策动态，及时调整经营管理模式，充分利用政策红利，同时确保合规经营。