从定义来看，二者相同之处在于都需要政府通过竞争性方式选择社会资本，由社会资本提供公共服务并获得收益。不同之处在于特许经营模式下企业参与基础设施和公用事业项目需要获得政府授权，政府与特许经营者属于管理与被管理的行政法律关系，双方签订特许经营协议，由投资者组建项目公司，负责项目的融资、建设和运营；而行政机关对项目实施和协议履行情况进行监督，且有权单方面变更、解除协议。PPP模式下政府和社会资本方处于平等的法律地位，属于权利义务对等的合作关系，在协商一致、互惠自愿的情况下签订PPP项目合同，还可能成立项目公司，政府需要参与到项目中并承担一定的责任。

从收益获取方式来看，特许经营与PPP项目运行的结果都须获得一定的收益，但其获取的方式是有差异的。特许经营通过投资建设运营的基础设施和公用事业获得收益，主要付费机制是使用者付费和可行性缺口补助，比如城市供热项目。当使用者付费不足以弥补特许经营者的缺口时，政府会根据建设运营成本给予一定的补助，确保特许经营者获得合理的收益，包括政府授予特许经营项目相关的其它开发经营权益，这就是可行性缺口补助。PPP模式除了前面两种付费机制以外还包括政府付费，政府付费机制主要由政府依据项目的实用性、质量、以及项目建设运营过程中产生的成本给项目公司支付一定的补偿，确保项目公司能够获得合理收益，这类项目大多涉及到卫生、教育、养老等公共服务领域。

从项目涉及的领域来看，PPP与特许经营作为与公共基础设施建设相关的项目模式，涉及的范围有交集，但二者并不是简单的包含与被包含的关系。国办发〔2015〕42号令第十二条指出：在能源、交通运输、水利、环境保护、农业、林业、科技、保障性安居工程、医疗、卫生、养老、教育、文化等公共服务领域，鼓励采用政府和社会资本合作模式，吸引社会资本参与。其中，在能源、交通运输、水利、环境保护、市政工程等特定领域需要实施特许经营的，按《基础设施和公用事业特许经营管理办法》执行。”从以上规定可以看出， PPP模式涉及的领域更为广泛，除了能源、交通运输、水利、环境保护、市政工程等建设占比较大的领域之外，还涉及医疗、养老、教育和文化等比较重视运营的领域。

特许经营与PPP在参与主体、适用范围以及项目实施过程等方面有许多相似之处，且都是提供公共服务的一种模式，我国并没有相关的法律法规对二者进行明确的区分，所以在实务中二者经常会被混淆。但特许经营与PPP在本质上是有区别的，如果将二者混为一谈会导致在项目建设运营过程中出现很多问题。所以，在制定PPP项目实施方案之时将符合特许经营的项目区分出来是非常有必要的，这有利于推进公共基础设施建设项目的合理、规范运行。