五、公立医院的医疗服务收入应如何正确申报企业所得税

为防范税务风险，确保企业所得税申报合法合规，公立医院应立足自身公益属性，严格遵循税收法律法规，建立全流程合规管理体系，具体可按以下步骤规范申报：

（一）先办非营利组织免税资格认定

这是享受医疗收入免税优惠的前提。公立医院需对照《财政部 国家税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税〔2018〕13号）规定的八项条件，逐项梳理自身运营情况，重点关注：收入全部用于公益事业、财产及孳息不用于分配、平均工资不超过地市级同行业两倍等核心要求。

申请时需按登记管理机关层级向对应税务机关报送资料，包括申请报告、资金来源及使用报告、工资薪金专项报告、审计报告、登记证明等，确保资料真实完整、数据一致。资格认定后，需在有效期满前6个月内及时申请复审，避免资格失效。未取得免税资格前，医院应按规定缴纳企业所得税，不得自行申报为不征税收入。

（二）规范收入分类核算与界定

1.建立清晰的收入分类台账：通过HIS系统与财务系统对接，自动区分医疗服务收入、非医疗服务收入、财政补助收入三大类。其中，医疗服务收入需进一步细分基础医疗收入、特需医疗收入等，明确区分免税收入与应税收入范围。

2.严格界定免税收入范围：仅将符合政策规定的医疗服务收入纳入免税范围，即按照不高于政府指导价提供《全国医疗服务价格项目规范》所列服务取得的收入。超出该范围的特需服务收入、高端体检收入等，需按规定缴纳企业所得税。

3.单独核算财政补助收入：对取得的财政拨款、专项补贴等财政性资金，单独建立台账，留存资金拨付文件、专项用途说明等资料，符合不征税收入条件的单独申报，避免与医疗服务收入混淆。

（三）规范成本费用扣除与凭证管理

1.合理划分扣除范围：免税的医疗服务收入对应的成本费用，包括药品耗材采购支出、医护人员工资薪金、医疗设备折旧、直接运营费用等，均可按规定税前扣除。需注意区分与非医疗服务收入相关的成本费用，按收入比例合理分摊间接费用。

2.强化凭证合规性管理：采购药品、设备等物资时，确保取得合法有效的发票，做到供应商资质、发票、入库单“三单一致”。大额支出需附合同、验收报告等佐证资料，避免因凭证不合规导致扣除风险。

3.避免不征税收入支出扣除错误：明确区分不征税收入对应的支出与免税收入对应的支出，不征税收入用于支出所形成的费用和财产，不得税前扣除，避免因混淆导致纳税调整风险。

（四）建立全流程税务内部机制及专业机构的帮助

1.设立专业税务管理岗位：配备专职或兼职税务管理人员，负责税收政策学习、纳税申报、税务资料归档、风险自查等工作，确保税务管理责任到人。

2.加强政策培训与更新：定期组织财务人员、管理层学习企业所得税法、医疗卫生行业专项税收政策，重点关注政策更新动态，如医疗服务增值税免税政策延续至2027年的最新规定，避免因政策滞后导致错误申报。

3.开展定期税务自查：每季度或每半年对收入申报、成本扣除、发票管理等环节进行自查，重点核查医疗收入申报类别是否正确、免税范围是否合规、扣除凭证是否完整，及时发现并整改潜在风险。

（五）加强与税务机关的沟通协调

公立医院应主动与主管税务机关建立常态化沟通机制，在免税资格申请、收入分类界定、政策适用疑问等方面及时咨询税务机关，获取专业指导。在遇到税务稽查或政策理解分歧时，积极提供相关证明资料，说明医院的公益属性和运营实际，争取税务机关的认可，避免风险扩大。

同时，医院应按规定保管税务申报资料、优惠政策备案资料、成本费用凭证等，保管期限不少于10年，以备税务机关核查，确保税务处理全程可追溯、可验证。

公立医院作为公益医疗服务的核心载体，其税务合规不仅关系到自身的健康发展，更影响着医疗卫生事业的公益属性和税收征管秩序。将医疗服务收入错误申报为不征税收入，本质上是对税收政策的误读和对合规责任的忽视，最终将面临补缴税款、行政处罚、资格取消等多重风险。

在税收征管日益严格的背景下，公立医院必须破除“公益属性=免税特权”“不征税收入申报更简便”等错误认知，树立“合规申报是底线，优惠享受靠资格”的正确理念。通过办理非营利组织免税资格认定、规范收入分类核算、建立税务内控机制、加强政策学习等措施，确保医疗服务收入申报合法合规，真正享受国家给予的税收优惠政策。

唯有如此，公立医院才能有效防范税务风险，将更多资源投入到医疗服务质量提升、公益事业发展中，实现社会效益与合规运营的良性互动，为医疗卫生事业的持续健康发展奠定坚实基础。