文件规定，接收实习生的企业与学校必须正式签订期限在三年以上（含三年）的实习合作协议；对未与学校签订实习合作协议或仅签订期限在三年以下实习合作协议的企业，其支付给实习生的报酬，不得列入企业所得税税前扣除项目；企业虽与学校正式签订期限在三年以上（含三年）的实习合作协议，但如出现未满三年停止履行协议情况的，企业已享受税前扣除的实习生报酬应调增应纳税所得额并补缴企业所得税和依法加征滞纳金。
另外，对因企业主体消亡或学校撤销等客观原因导致未满三年停止履行协议情况的特例情况，《办法》也相应作出了不再补税和加征滞纳金的规定。
关于支付报酬的扣除标准和管理，文件规定支付的实习生报酬高于计税工资标准的，按照计税工资标准扣除；支付的实习生报酬低于计税工资标准的，按照实际支付的报酬进行税前扣除。
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