根据国务院的规定，从2001年1月1日起，个人独自企业和合伙企业不再缴纳企业所得税，只对投资者个人取得的生产经营所得征收个人所得税。对实行查账征收办法的，其税率比照“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%--35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。与企业所得税相比，它在扣除项目有特殊规定，注册税务师代理这两类企业的所得税审计时，必须注意以下几个问题。
   
    一、工资。工资包括投资者的费用和从业人员的工资，对投资者的费用扣除标准，由各省、自治区、直辖市地方税务局参照个人所得税法“工资、薪金所得”项目的费用扣除标准确定，投资者的工资不得在税前扣除。企业从业人员的工资支出按标准在税前扣除，具体由各省、自治区、直辖市地方税务局参照企业所得税计税工资标准确定。
   
    二、固定资产折旧。个人独自企业和合伙企业的固定资产往往与家庭共用，如汽车、摩托车等难于准确计提折旧。注册税务师应根据入账的固定资产名称、企业生产经营类型、销售规模等具体情况，核定准予在税前扣除的折旧费用的数额或比例。

    三、职工福利费、职工教育经费、工会经费。企业实际发生的的职工福利费、职工教育经费、工会经费分别在其计税工资总额的14%、1.5%、2%的标准内据实扣除。这里的规定是据实扣除，所以年度内计提的三项费用如果用不完要计入应纳税所得额。
   
    四、业务宣传费。企业每一纳税年度发生的广告和业务宣传费用不超过当年销售（营业）收入2%的部分，可据实扣除；超过部分可无限期向以后纳税年度结转。这里的业务宣传费与《企业所得税税前扣除办法》中的规定有区别，主要是比例不同，企业所得税规定的是0.5%，而这里提高到2%；还有就超过部分可以无限期向以后年度结转，而企业所得税中无此规定。注册税务师审计的同时应帮助委托人做好相应台账记录，便于在以后年度税前扣除。
   
    五、计提的各项准备。《企业所得税税前扣除办法》规定，应收账款的坏账准备金，商品流通企业的削价准备可以税前扣除，除此以外的存货跌价准备、长期投资准备、固定资产减值准备等都不能税前扣除。对于个人独自企业和合伙企业这些规定都不适用，计提的各项准备金都不得在税前扣除，在审计时就把各项准备金全部计入应纳税所得额。