对企业在2006年6月30日前发放的工资仍按政策调整前的扣除标准执行，超过规定扣除标准的部分，不得结转到今年后6个月扣除。
同日，国家税务总局以文件《国家税务总局调整企业所得税计税工资政策具体实施问题通知》（国税发[2006]137号）明确：
一、各基层税务机关要认真测算企业因计税工资政策调整而减少企业所得税的数额，据此调整纳税人今年7－12月各月(季)的申报预缴额。
二、对实行按纳税期限的实际数预缴税的企业，分两种情况处理：
一是按月预缴的，在今年9－12月份申报各月预缴企业所得税时，应根据按上述要求测算的减收比例计算调减预缴额。其中，9月份预缴申报时，应一并计算7－8月份的调减额，从9月份的应预缴税额中冲抵，不足冲抵的部分在今年以后各月的应预缴税额中冲抵，直至完全冲抵；12月份申报预缴11月份的税额时，应一并计算12月份的调减额，并从11月份的应预缴税额中冲抵，不足冲抵的部分，应在12月底前办理完退税手续。
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