如果细分土地开发可以划分若干，比如根据开发主体分为土地一级开发、二级开发；根据开发目标用途，分为农业用地开发、建设用地开发等，总之土地开发是一个非常宽泛的概念。本文所要讨论的土地开发，是指单位承受政府出让的土地使用权，开发后有偿转让所涉及的税务问题。它既不属于一级开发，也不像是二级开发，但是确实存在，并有很多关键税务问题需要讨论。

根据现行法规，政府出让土地使用权一般通过公开竞价方式取得，同时由于政府垄断土地一级市场，按规定出让土地都是经过开发已经具备建设条件的“熟地”，但是实践中政府“毛地”出让确实也不少见，并且“毛地”出让的情况一般也都是协议出让方式，比如国土资源部关于印发《关于深入推进城镇低效用地再开发的指导意见（试行）》的通知（国土资发〔2016〕147号）第三条“完善激励机制”明确，鼓励原国有土地使用权人进行改造开发。具体包括：在符合规划的前提下，原国有土地使用权人可通过自主、联营、入股、转让等多种方式对其使用的国有建设用地进行改造开发；改造开发土地需办理有偿使用手续，符合协议出让条件的，可依法采取协议方式。

另外，《国务院办公厅关于推进城区老工业区搬迁改造的指导意见》（国办发〔2014〕9号）明确对城区老工业区搬迁改造给予土地政策支持，具体支持措施包括：根据城区老工业区发展定位和功能分区，适度进行商品房开发；对因搬迁改造被收回原国有土地使用权的企业，经批准可采取协议出让方式，按土地使用标准为其安排同类用途用地。改造利用老厂区老厂房发展符合规划的服务业，涉及原划拨土地使用权转让或改变用途的，经批准可采取协议出让方式供地。

当然，根据《协议出让国有土地使用权规定》（国土资源部令第21号）的规定，除依照法律、法规和规章规定的应采用招标、拍卖或挂牌方式外出让土地以外的，可以采用协议方式。换句话说，协议出让土地并不是仅仅指上述规定限定的情况。

从现行规定来看，竞价出让是原则，协议出让是例外。之所以把协议出让作为例外予以限制，是因为其价格不是市场竞争形成，而是政府和取得土地的单位在一定幅度内协商确定的，如上述国土资源部21号令规定，以协议方式出让国有土地使用权的出让金不得低于按国家规定所确定的最低价，而协议出让最低价不得低于新增建设用地的土地有偿使用费、征地（拆迁）补偿费用以及按照国家规定应当缴纳的有关税费之和；有基准地价的地区，协议出让最低价不得低于出让地块所在级别基准地价的70％。同时还强调低于最低价时国有土地使用权不得出让。

协议出让土地使用权必须符合一定条件，也就是受到一定限制。其实质在于交易价格需要考虑各种因素，通过协商确定，低于市场转让价格，同时出让土地面积大。比如老工业城改造搬迁、低效能用地开发等。在这些特殊情况下，政府通过协议出让方式出让给原土地使用权所有者，变更土地使用权性质（以下简称“变性”），这样既免除了政府收储土地的巨额补偿支出，又实现了以土地变性增值对企业的开发及搬迁补偿，应该说是一个多赢高效的方式，有着极其重要的存在价值。

土地使用权作为一个资源，如果不能增值变现，那么对其所有者也是没用，当然也就发挥不了它应有的效能，所以通过协议出让的土地还是要通过进一步的开发、转让才能实现其价值。一般情况下有两种做法，一是进行土地开发，然后转让；二是进行土地开发，然后转移给所属项目公司，开发商品房销售变现，这两种方式虽然开发程度不同，但是实质是一样的。具体分析如下：

（一）土地开发并转让开发土地

一般情况下，原土地使用权人基于特殊原因，按规定协议受让变性后的原土地，土地用途虽然变了，但是土地的现状与变性后的土地用途还存在非常大的差距，比如为工业用地的，原地上车间、供热、污水治理等设施设备林立，不会因为变为商业开发用地而销声匿迹，也不会因变性就会自动“三通一平”。这就需要变性后的所有人进行拆除、治理、平整，要从工业用地的现状开发为变更用途以后的可开发状态，貌似是土地一级开发，但是由于开发主体是协议受让土地使用权的企业单位，不符合一级开发的主体，因此不是严格意义上的土地一级开发，只能笼统地称之为“土地开发”。土地开发可能由土地所有人实施，也可能由专业的企业单位施工，比如土地污染治理，建筑物、构筑物爆破等，总之肯定会发生一定的投入。其产出就是达到规定用途的“净地”，我们称之为开发土地，下一步开发建设在开发土地的基础上开始，相对于规定用途，开发土地是完工产品，正如政府招、拍、挂出让土地一样。但是对后续开发而言，它又是“原材料”。

常言道术业有专攻，协议受让土地经过上述进行开发，如果有人出价超过自行开发所获利益，或者急于变现无奈之下，都可能将开发完工的土地权益转让。因此，协议受让土地使用权的企业转让其开发完成的土地也就在所难免。

（二）自行开发商品房

承受政府协议出让土地使用权，经过土地开发有可能直接转让开发土地，也有可能在开发土地上建造商品房出售，我们将在变性开发土地上继续开发建造商品房，称之为自行开发商品房。自行开发商品房开发主体有两种选择，一是土地使用权人自行开发，即开发项目由协议出让土地使用权时的企业立项、规划、建设、销售，成为原企业开发；二是由其所属专业的全资子公司或者新设立的项目公司为主体开发。

从两种开发不同主体来看，原企业绝对不是以房地产开发为“专业”的企业，可能是“专业”的钢铁、水泥、剥离、装备制造等，增加房地产开发，实话说是隔行如隔山，同时也属于不同的生态环境。因此，一般都会选择全资子公司或者新设项目公司开发建设，这样专业机构干专业的事，便于组建专业团队，专业化分工，又有利于业绩考核。但是存在的问题是需要土地权属变更，也就是要从土地使用权协议出让变性并进行土地开发的主体名下变更到商品房开发企业的名下，税法一般不认为母子公司属于一个主体（特殊情况除外），应分别承担纳税人的责任。变更方式也有两种选择：一是转让，二是投资，包括追加或者初始投资，可以是按账面实际成本价（划转）也可以是公允价。

上面连篇累牍不厌其烦地说了那么多，无非是想说明转让开发的土地交易行为合理并且必要。所谓合理，是指它的存在符合正当的商业利益；所谓的必要，是指如果禁止，则会为资源的流动设置制度性的障碍，降低我国有限土地资源的利用效果。那么这样合理、必要的商业行为是否存在税收的障碍呢？

首先，我们看增值税。对转让土地使用权征收增值税，应该是天经地义，转让开发的房屋、土地使用权征收增值税当然也没有啥问题，但是计税方法大相径庭。因为转让开发的房产，计税收入可以减除出让土地缴纳的地价款和拆迁补偿（以下简称扣额），而转让开发的土地使用权没有规定能否扣除，也就是说不一定可以扣额了。但是从交易类型上看，都是基于取得土地使用权的开发，都支付了地价款——土地出让金，都对取得的土地进行了开发，不同的仅仅是程度不同，一个开发成了房屋，一个开发成了可以开发房屋的土地，但是其属性是一样的，理应一致对待，否则很难说税制是公平的。我们知道，增值税应纳税额计算方法如下：

应缴纳的增值税=应税收入*适用税率-进项税额

可见，在进项税一定的情况下，纳税额的多少取决于应税收入的多少。《营业税改征增值税试点有关事项的规定》规定，房地产开发企业中的一般纳税人销售其开发的房地产项目，以取得的全部价款和价外费用，扣除受让土地时向政府部门支付的土地价款后的余额为销售额。简单说就是，房地产开发企业销售房地产项目，应税收入可以扣减土地出让金。据此，国家税务总局下发了《房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法》的公告（2016年第18号公告）明确，房地产开发企业中的一般纳税人销售自行开发的房地产项目，销售额的计算公式如下：

销售额=（全部价款和价外费用-当期允许扣除的土地价款）÷（1+9%）

当期允许扣除的土地价款=（当期销售房地产项目建筑面积÷房地产项目可供销售建筑面积）×支付的土地价款

意思很清楚，房地产开发企业销售自行开发的房地产项目，其中销售房地产项目的面积分摊的土地价款及拆迁补偿费可以扣减应税销售额。由于上述计算公式是房地产项目“可供销售建筑面积”，自然把房地产开项目中的“地”排除在外，也就是这个扣额的规定只适用于房产开发，不适用于土地开发。前述土地开发转让应缴纳的增值税应税收入由于不能扣除协议出让缴纳的出让金（也称为“地价款”），相对房地产项目销售，土地开发在出让金上又征收了增值税，那么税负自然高于房地产项目开发一大截。如果真是这样，不得不说这是对土地开发转让的制度歧视，是制度设计的初衷还是失误造成的结果，亦或是我们理解有误就不得而知了。

其次，土地增值税问题。主要涉及两个问题，一是加计扣除，二是免税优惠。

1.加计扣除问题。转让国有土地使用权、房屋建筑物和构筑物缴纳土地增值税，本应该没有问题，但是在计算计税依据增值额时还是有争议。

土地增值税的计税依据是增值额，为销售不动产取得的收入减去扣除项目后的差额，差额越大税率也就越高。在应税收入确定的情况下，增值额取决于扣除项目金额，《土地增值税暂行条例》及实施细则规定，扣除项目金额包括以下五项之和：

1、取得土地使用权所支付的金额；称之为地价款。

2、开发土地和新建房及配套设施的成本；称之为开发成本。

3、开发土地和新建房及配套设施的费用；称之为开发费用。

4、与转让房地产有关的税金；称之为税费；

5、对从事房地产开发的纳税人可按上述1、2项规定计算的金额之和，加计20％的扣除，以下称之为“加计扣除”。计算公式如下：

加计扣除金额=（地价款+开发成本）*20%

根据规定，开发土地转让应该可以适用加计扣除的规定，但是国家税务总局早在1995年下发了一个《土地增值税宣传提纲》（国税函发[1995]110号，以下简称“宣传提纲”）对具体计算增值额时应注意什么进行了三个提示，第二个转让开发土地提示如下：

对取得土地使用权后投入资金，将生地变为熟地转让的，计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用和开发土地所需成本再加计开发成本的20%以及在转让环节缴纳的税金。

估计读者看了上面的规定会有点晕，慢慢梳理会发现问题，加计扣除的基数被缩水了。

从条例细则规定，扣除项目包括5项，明确加计扣除的计算基数是地价款和开发成本。但是这个宣传提纲在加计扣除计算基数上动了手脚，加计扣除的基数只有土地开发成本，悄悄地去掉了地价款，也就是把支付的出让金拿掉了。

我们看根据上述提示梳理的扣除项目金额计算公式：

扣除项目金额=取得土地使用权时支付的地价款+交纳的有关费用+开发土地所需成本+加计开发成本的20%+转让环节缴纳的税金

加计扣除的计算公式演变成为：

加计扣除金额=开发成本*20%，而不是（地价款+开发成本）*20%

到底应该怎么执行就成了问题。

上述宣传提纲第一个转让开发土地提示如下：

对取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的，计算其增值额时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金。这样规定，其目的主要是抑制“炒”买“炒”卖地皮的行为。

意思很清楚，未进行开发就转让，不得加计扣除。这里问题是未进行开发，这个程度怎么确定？有投资，但不管投资多少都算开发还是投资强度达到一定程度算是开发。由此，要想执法风险低，只要将转让土地使用权都视为未开发，不得加计扣除。

2.免税优惠。

如前所述，因城市建设规划需要而整体搬迁，比如老工业城区搬迁改造，大都属于政府主导的政策性搬迁，但是政府没有能力按照《国有土地上房屋征收与补偿条例》给予足够的补偿，因此大都通过行政方式，以拥有的土地处置权利，将土地变性增值作为搬迁补偿。比如降低出让金缴纳标准、返还土地出让金等方式补偿。《土地增值税暂行条例》第八条规定，因国家建设需要依法征用、收回的房地产免征土地增值税。《土地增值税暂行条例实施细则》进一步明确，条例第八条所称的因国家建设需要依法征用、收回的房地产，是指因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用的房产或收回的土地使用权。因城市实施规划、国家建设的需要而搬迁，由纳税人自行转让“原房地产”的，比照本规定免征土地增值税。看上去似乎非常公平合理，企业符合条件的搬迁腾挪土地转让，可以享受免税的优惠，这样政府给予的补偿不会因为缴纳税款减少而不足以完成搬迁。但是仔细一看，不确定性陡然增加，因为免税的条件是纳税人自行转让“原房地产”，这个原房地产怎么理解？是协议出让变性前为原房地产？还是由于土地使用权、地上建筑没变为原房地产？显然争议还是存在。

再次，契税的问题。契税原本比较简单，但是随着土地出让方式的多样化，问题也就越来越多。根据《契税条例》及实施细则规定，契税的计税依据，属于国有土地使用权出让的，为成交价格。成交价格明显低于市场价格并且无正当理由的，由征收机关参照市场价格核定。

应纳税额等于契税计税依据乘适用税率。应纳税额的多少取决于计税依据的多少。关于成交价格，《契税暂行条例细则》第九条明确：条例所称成交价格，是指土地、房屋权属转移合同确定的价格。包括承受者应交付的货币、实物、无形资产或者其他经济利益。显然在这个规定中，没有特别明确纳税人（承受着）应交付利益的范围，是仅仅指合同的当事人还是也包括支付给第三方的经济利益。由此，2003年财政部、国家税务总局联合下发《关于国有土地使用权出让等有关契税问题的通知》（财税[2004]134号），对出让国有土地使用权的契税计税依据进行了明确，计税价格为承受人为取得该土地使用权而支付的全部经济利益。其中以协议方式取得土地使用权的，其契税计税价格为成交价格。成交价格包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等承受者应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益。

也就是说，协议出让土地的，出让协议约定的土地成交价格不一定就是契税的计税依据，还应包括支付给第三方的若干支出。我们再看一下竞价出让契税的计税依据规定：以竞价方式出让的，其契税计税价格，一般应确定为竞价的成交价格，土地出让金、市政建设配套费以及各种补偿费用应包括在内。可以理解为竞价出让，成交价格仅为支付给出让人的地价款，这个成交价包含了出让金、市政建设配套费以及各种补偿费用。之所以这么规定可能是竞价出让的是“净地”。

由此，我们猜想立法者的意图是不是为公平契税计税依据，保证协议出让和竞价出让契税依据保持一致，属于协议出让的，要将契税计税依据还原为竞价出让的状态，也就是“净地”价格。也就是说，协议出让的契税计税依据为合同约定的成交价，包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等。

如果以上猜想或者假设成立，那么通过协议出让取得土地使用权，然后投资进行开发，协议价格明显要低于“净地”的公开招、拍、挂的价格，由此“生地”变为“熟地”过程中所发生的前述各项成本支出是否也应计入契税计税依据计算契税呢？

最后，房产税问题。这里所说的房产税问题，是指通过协议出让方式取得土地使用权，原属性土地上缴纳房产税的房屋，房产税计税依据及缴纳问题。

分析主要的协议出让土地使用权，实质是政府收回原土地使用权，然后再通过协议出让方式出让给原土地使用权所有人，土地用途当然也就发生了变化。在这个过程中，原土地上房屋因属性变更要注销产权，相对于土地变性后的用途，房产也就失去了作为资产的功能。也就是说不存在使用价值，反而成了或有的负债，在这种产权注销、处在待拆除状态下的房产，是否继续缴纳房产税呢？

以上四个问题，在一定程度上影响着开发土地的转让收益，关系着转让双方的利益和税务机关的执法风险。

以上所述，涉及四个税种五个问题，对协议出让土地开发后转让乃至企业政策性搬迁都有非常重大的影响。

笔者认为，公平是税收的灵魂，没有公平的税收不能称其为税。所谓公平，就是纳税人的同一行为不因程度不同而给予不同的税收待遇。比如土地开发和土地开发在建造房产，都是开发行为，只是程度不同；公平还体现在相同属性的收入应该享受同等的税收政策。比如政府收回土地给予的补偿和自行转让土地取得的收入，自行转让收入是政府收回补偿收入属性都是搬迁的补偿方式。

基于税收的公平原则，建议处理转让开发土地相应的税务问题如下：

一是应明确转让开发的土地，增值税销项税计算其相应支付的地价款（出让金）可以扣减销售额。对协议出让土地进行开发，使其达到建造房产的程度，和继续开发建造房产，业务性质相同，只是开发程度不同，未在经过开发的土地上继续建造房产销售、建造房产未完工销售及建造完工销售，只是程度不同。根据现行规定，建造未完工销售和完工销售应税销售额都可以按照销售面积分摊的土地价款（出让金和拆迁补偿），但是销售开发的土地却不能，这显然与税收公平相悖。在一般计税方法下，三种开发程度转让都应缴纳增值税，第一种计算销售转让的增值税，只能抵扣土地开发过程中的外购项目的进项税；第二种如果未完工面积全部销售，首先销项税额按照销售额抵减取得土地的价款后的余额计算，其次可以抵扣开发过程中的进项税；第三种情况与第二种一样，首先销项税按照销售额扣减销售面积对应的取得土地的价款后计算，再抵扣开发过程的进项税。由此可见，转让开发的土地税负要高于其他情况，显然有失公平，建议明确销售开发的土地使用权，其应税销售额可以扣除受让土地时向政府部门支付的土地价款。

二是严格按照《土地增值税条例》及实施细则规定执行，转让开发土地，只要进行了实质性的开发，都应按照税法规定的基数计算加计扣除金额，明确废止《宣传提纲》与税法规定不符的内容。同时，明确以政府主导的政策性搬迁，原址土地转让还是变性开发后转让，其增值部分均视为政府给予的搬迁补偿，一律免征土地增值税。

三是土地开发成本的契税问题，应该说本不是问题。契税条例、细则规定的非常清楚，国有土地使用权出让、土地使用权出售、房屋买卖，契税的计税依据为成交价格；成交价格，是指土地、房屋权属转移合同确定的价格。如果将开发成本也加入其中，纯属望文生义，曲解税法，破坏计税依据法定的基本原则。

四是关于房产税。房产税是财产税，以拥有该财产作为纳税义务的标志。财产应该是纳税人拥有的财富，当这个财产不具有财富的功能，也就不应承担纳税义务。据此我们认为，协议出让土地上房屋建筑物等缴纳房产税的房屋，如果在变性后产权注销，同时已不再发挥原来的作用，也就是不再使用，处于待拆除状态，纳税义务应该停止，如果尚在继续使用，发挥其作为房屋的使用功能，则虽然产权注销，仍应缴纳房产税。

以上意见只是一家之言，如若实际执行还需要和税务机关沟通一致。